L'histoire génomique du bacille de la dysenterie épidémique (Shigella dysenteriae type 1)

François-Xavier Weill, MD, PhD
Research Director, Enteric Bacterial Pathogens Unit, Institut Pasteur,
Visiting Scientist, Bacterial Genomics and Evolution, Wellcome Trust Sanger Institute, Cambridge, UK

Institut Pasteur
25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris cedex 15

Une vaste enquête scientifique a permis de retracer l’histoire du bacille de la dysenterie épidémique, l’un des pires fléaux qu’ait connu l’humanité aux cours des XVIIIe et XIXe siècles. Elle s’est basée sur l’analyse des génomes de plus de 330 souches de la bactérie Shigella dysenteriae type 1, isolées de 1915 à 2011 et collectées dans 66 pays par 35 instituts internationaux. L’étude montre que la bactérie sévissant actuellement en Afrique et en Asie est certainement d’origine européenne : en moins de 20 ans, de 1889 et 1903, S. dysenteriae, partant d’Europe, s’est d’abord implantée en Amérique, en Afrique et en Asie ; cette dissémination a probablement bénéficié des mouvements de populations dues à l’émigration européenne en Amérique ainsi qu’à la colonisation de différents territoires en Afrique et en Asie, et a sans doute été favorisée par la marine à vapeur et l’ouverture du Canal de Suez en 1869. Au XXe siècle, la bactérie est à nouveau identifiée en Europe lors du premier conflit mondial, en particulier lors de l’expédition des Dardanelles (1915-1916), où elle contribua grandement à la défaite des troupes alliées, puis lors de la seconde guerre mondiale en Europe centrale, avant de disparaître du continent. Elle a en revanche continué son expansion en Asie, en Afrique et en Amérique centrale sous forme de flambées épidémiques violentes (500 000 cas pour l’épidémie d’Amérique centrale de 1969-1972). Le foyer du sous-continent Indien deviendra par la suite le plus actif tout au long du XXe siècle et sera à l’origine de plusieurs vagues épidémiques vers l’Afrique et l’Asie du Sud Est. Les chercheurs ont par ailleurs montré qu’entre 1965 et 1990, 99% des souches sont devenues résistantes aux antibiotiques, et souligné la nécessité d’un vaccin efficace.

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